在上個千禧年結束之前，澳門分行經歷了兩個重大的歷史事件。一是99回歸。澳門回歸祖國，實現“一國兩制”，澳人治澳，高度自治。在中央關懷和特區政府的正確領導下，澳門經濟從恢復性增長邁入快速增長。這個歷史性的轉變時刻，既是銀行發展的機遇，也對銀行的經營提出了更高的要求。二是1997年爆發的亞洲金融風暴，促使澳門分行認真思考提升經營管理質量和水平的問題。

依循“以市場為導向，以客戶為中心”的經營理念，澳門分行調整實現了前、中、後台業務體的組合；形成營銷、支援、監控功能的組織架構；建立相對獨立的風險管理和內部控制機制；建立了科學有效的決策機制。支行從無差異的、單一操作型運作的模式逐步轉變為因應客戶需求而佈局的營銷服務型的支行。

澳門分行大力支持並參與了特區政府的中小企業信貸計劃，積極協助中小企業改善經營；強化電子化服務能力，加大資訊科技對業務發展和科學管理的支援力度，完善電話銀行、流動銀行、自助銀行、網上銀行等電子化服務方式。同時大力發展中間業務，加強與保險公司、信用卡公司、基金公司的戰略合作，豐富中間業務品種；建立了財富管理中心和零售信貸中心，鞏固和發展了一批高端客戶。澳門分行通過多元化的經營，提高了對客戶的綜合服務能力。