1987年4月13日中葡兩國政府簽署《中葡聯合聲明》，澳門進入回歸祖國的過渡時期，中資銀行參與澳門元發行事宜提上了議事日程。經過中葡雙方約三年的外交談判磋商，於1994年7月12日達成共識並簽署了《中葡聯合聯絡小組關於澳門發鈔問題的會談紀要》。1995年10月13日，澳門政府與中國銀行簽署了發鈔合同。在澳門金融管理局、有關同業及印鈔公司的幫助與支時下，10月16日，中國銀行開始發行澳門元鈔票。

回歸之後，澳門分行獲特區政府授權並雙方簽定了公共庫房出納代理合同。從2000年4月28日起，中國銀行成為澳門特區政府的公庫代理銀行。

澳門分行也十分重視與同業之間的交流合作，努力推動行業發展和維護業界的合理權益。1983年，澳門分行與部份同業一起，推動澳門政府成立了澳門票據交換所，並承擔了港元票據清算行的職責。2000年9月6日，澳門銀行公會會員大會推選澳門分行出任公會主席。澳門分行與澳門銀行公會理監事、會員銀行和衷共濟，共同推動會務發展，與特區政府及金融管理局之間保持密切聯繫，配合支持特區政府貫徹執行金融政策。

澳門分行並出任特區政府經濟委員會委員、澳門金管局諮詢委員會委員、中國企業協會副會長、中華總商會監事長、澳門生產力暨科技轉移中心委員等重要社會職務。並積極支持贊助澳門的教育和慈善事業，如贊助澳門大專教育基金會；向同善堂、鏡湖醫院慈善會等機構捐款等。通過這些活動，澳門分行將自己置身於社會，融入市場和客戶之中。